本記事は EC-CUBE 3.0.17 でお送りいたします。

まずは株式会社U-Mebiusさんのこちらの記事を真似してみると、カスタマイズの仕組みがわかりやすかったです!
EC-CUBE3カスタマイズ - 管理画面に新規ページとメニューを追加する方法
https://umebius.com/eccube/insert_new_page_and_menu_in_admin_panel/

以下は追加・編集したファイルのただのメモ書きです。

設定>基本情報設定>ショップマスターを模倣して、
設定>基本情報設定>〇〇設定を作ります。

〇〇設定の英字は hoge で想定します。

■新規で追加したファイル
/app/template/admin/Setting/Shop/hoge.twig
/src/Eccube/Controller/Admin/Setting/Shop/HogeController.php
/src/Eccube/Entity/Hoge.php
/src/Eccube/Form/Type/Admin/HogeType.php
/src/Eccube/Repository/HogeRepository.php
/src/Eccube/Resource/doctrine/Eccube.Entity.Hoge.dcm.yml

■既存で編集したファイル
/src/Eccube/ControllerProvider/AdminControllerProvider.php
/src/Eccube/Event/EccubeEvents.php
/src/Eccube/Resource/config/nav.yml.dist
/src/Eccube/Resource/locale/message.ja.yml
/src/Eccube/ServiceProvider/EccubeServiceProvider.php

■データベース
dtb_hoge を追加


ファイル数が多くて、よくわかっていないとごちゃごちゃして難しいです... (><)

今回はショップマスターを模倣したので、それに使われている、
BaseInfo, base_info, shop_master あたりを grep 検索しては、
真似して真似して・・・という感じで、
/app/log/admin_site_日付.log に書き出されるエラーログを見ながら、
カスタマイズしていく流れです。

無事にできると、非常に嬉しい、楽しい!