4系で開発中にキャッシュ削除を試みると、
PHP の Fatal error が出てしまうことが頻発しました。

結論から言うと、
composer.lock を削除していたのが原因でした。

EC-CUBE の圧縮フォルダを解凍したときに、
無駄だと思うファイルは消すようにしているのですが、
それが仇となりました。

Xampp などのローカル環境やエックスサーバーなどのレンタルサーバーでは、
app/
bin/
html/
src/
var/
vendor/
.htaccess
composer.json
composer.lock
index.php
maintenance.php
robots.txt
以外は削除しても今のところ動いています。
(これで大丈夫なのかは検証中...)

ルートにファイルがたくさんあるとわからなくなるので、
なるべくすっきりさせたいところです。

ちなみに composer.json を削除すると、
キャッシュ削除しなくても Fatal error で閲覧することができなくなります。