二つのカテゴリーがあるとします。

その二つのカテゴリーには年別アーカイブがあります。
(アーカイブマッピングを「カテゴリ 年別」に設定。)

その二つのカテゴリーの年別アーカイブをすべてのテンプレートで表示させるとします。

力技かも知れませんが以下で表示できました。

<dl>
    <dt>はつねみく</dt>
    <dd>
        <mt:blogs ignore_archive_context="1">
        <mt:categories>
        <mt:ifcategory name="はつねみく">
        <mt:archivelist archive_type="category-yearly">
        <mt:archivelistheader><ul></mt:archivelistheader>
            <li><a href="<$mt:archivelink$>" title="<$mt:archivetitle$>"><$mt:archivedate format="%y年"$>(<$mtarchivecount$>)</a></li>
        <mt:archivelistfooter></ul></mt:archivelistfooter>
        </mt:archivelist>
        </mt:ifcategory>
        </mt:categories>
        </mt:blogs>
    </dd>
</dl>
<dl>
    <dt>かがみねりん</dt>
    <dd>
        <mt:blogs ignore_archive_context="1">
        <mt:categories>
        <mt:ifcategory name="かがみねりん">
        <mt:archivelist archive_type="category-yearly">
        <mt:archivelistheader><ul></mt:archivelistheader>
            <li><a href="<$mt:archivelink$>" title="<$mt:archivetitle$>"><$mt:archivedate format="%y年"$>(<$mtarchivecount$>)</a></li>
        <mt:archivelistfooter></ul></mt:archivelistfooter>
        </mt:archivelist>
        </mt:ifcategory>
        </mt:categories>
        </mt:blogs>
    </dd>
</dl>


<mt:blogs ignore_archive_context="1">については、
http://www.ilovex.co.jp/blog/system/businessdevelopment/mt-category-archive.html
を参考にしました。