試したバージョン 4.0.3 です。
多分コマンドラインで出来るんだと思いますが、ちょっとわからないので; SQL でのやり方です。

EC-CUBE3 の 商品・カテゴリー・規格を初期化の SQL に、
4系では dtb_tag が増えたようです。
ついでにお知らせも初期のは不要なので、追加してみました。
さらに販売種別も初期のAとBは用途不明なので、一度初期化して、通常商品という名前で一つだけ登録するようにしました。
さらのさらに支払方法を代引きだけに、配送方法も通常配送だけに、税率を10%にしました。

下記の SQL を phpMyAdmin の SQL ウィンドウから実行すると、
商品・カテゴリー・規格・ニュースの初期入力が削除出来て、
ID1 から気持ちよく始めることができます。

うまくいかない場合は、「外部キーのチェックを有効にする」のチェックを外す必要があります。

SET FOREIGN_KEY_CHECKS=0;

TRUNCATE TABLE `dtb_category`;
ALTER TABLE `dtb_category` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_class_category`;
ALTER TABLE `dtb_class_category` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_class_name`;
ALTER TABLE `dtb_class_name` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_news`;
ALTER TABLE `dtb_news` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_product_category`;
ALTER TABLE `dtb_product_category` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_product_class`;
ALTER TABLE `dtb_product_class` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_product_image`;
ALTER TABLE `dtb_product_image` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_product_stock`;
ALTER TABLE `dtb_product_stock` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_product_tag`;
ALTER TABLE `dtb_product_tag` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_product`;
ALTER TABLE `dtb_product` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `dtb_tag`;
ALTER TABLE `dtb_tag` AUTO_INCREMENT = 1;

TRUNCATE TABLE `mtb_sale_type`;
ALTER TABLE `mtb_sale_type` AUTO_INCREMENT = 1;
INSERT INTO `mtb_sale_type` (`id`, `name`, `sort_no`, `discriminator_type`) VALUES ('1', '通常商品', '0', 'saletype');

TRUNCATE TABLE `dtb_delivery`;
ALTER TABLE `dtb_delivery` AUTO_INCREMENT = 1;
INSERT INTO `dtb_delivery` (`id`, `creator_id`, `sale_type_id`, `name`, `service_name`, `description`, `confirm_url`, `sort_no`, `visible`, `create_date`, `update_date`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, NULL, '1', '通常配送', '通常配送', NULL, NULL, '1', '1', CURRENT_TIMESTAMP, CURRENT_TIMESTAMP, 'delivery');

TRUNCATE TABLE `dtb_delivery_fee`;
ALTER TABLE `dtb_delivery_fee` AUTO_INCREMENT = 1;
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '1', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '2', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '3', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '4', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '5', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '6', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '7', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '8', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '9', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '10', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '11', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '12', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '13', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '14', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '15', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '16', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '17', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '18', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '19', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '20', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '21', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '22', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '23', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '24', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '25', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '26', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '27', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '28', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '29', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '30', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '31', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '32', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '33', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '34', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '35', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '36', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '37', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '38', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '39', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '40', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '41', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '42', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '43', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '44', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '45', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '46', '1000', 'deliveryfee');
INSERT INTO `dtb_delivery_fee` (`id`, `delivery_id`, `pref_id`, `fee`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, '1', '47', '1000', 'deliveryfee');

TRUNCATE TABLE `dtb_payment`;
ALTER TABLE `dtb_payment` AUTO_INCREMENT = 1;
INSERT INTO `dtb_payment` (`id`, `creator_id`, `payment_method`, `charge`, `rule_max`, `sort_no`, `fixed`, `payment_image`, `rule_min`, `method_class`, `visible`, `create_date`, `update_date`, `discriminator_type`) VALUES (NULL, NULL, '代金引換', '0.00', NULL, '1', '1', NULL, '0', 'Eccube\\Service\\Payment\\Method\\Cash', '1', CURRENT_TIMESTAMP, CURRENT_TIMESTAMP, 'payment');

TRUNCATE TABLE `dtb_payment_option`;
ALTER TABLE `dtb_payment_option` AUTO_INCREMENT = 1;
INSERT INTO `dtb_payment_option` (`delivery_id`, `payment_id`, `discriminator_type`) VALUES ('1', '1', 'paymentoption');

UPDATE `dtb_tax_rule` SET `tax_rate` = '10' WHERE `dtb_tax_rule`.`id` = 1;

SET FOREIGN_KEY_CHECKS=1;

SQL が問題なく処理された後、管理画面にて商品などが消えていることが確認できます。
ただし、商品管理>カテゴリ管理についてはキャッシュが残っているので、一覧が表示されてしまいます。
これは、コンテンツ管理>キャッシュ管理からキャッシュ削除を実行すると、消すことができます。


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